浄化槽に流入してきた汚水は、沈殿や浮上といった物理作用と微生物の働きによる生物作用によって処理されますが、この処理の過程で必ず汚泥やスカムが生じます。
スカムや汚泥が過度に蓄積されると、浄化槽の機能に支障をきたし、十分な処理がされなかったり、悪臭を発生する原因となったりします。
このようなことにならないために、スカムや汚泥を槽外へ引き抜き、付属装置や機械類を洗ったり、掃除することが必要となるのです。
清掃とは、このような作業のことを言いますが、浄化槽を適切に維持管理していく上で、とても重要な作業なのです。

浄化槽管理者は、浄化槽の清掃をしなければならないとされていますが、清掃の技術上の基準にしたがって清掃を行うため専門的知識や技能が必要で、一般的には浄化槽管理者自ら行うことは困難です。
この場合、市町村長から許可を受けている浄化槽清掃業者に浄化槽の清掃を委託して下さい。
浄化槽清掃業の許可を行うに当たって、市町村長は、所有している器具や技術的な能力等が、清掃を業として行うに十分であるかどうかを審査しています。
なお、浄化槽の清掃によって引き抜かれた汚泥を収集、運搬するためには、浄化槽法に基づく浄化槽清掃業の許可とは別に、廃棄物の処理及び清掃に関する法律に基づく一般廃棄物処理業の許可を市町村長から受けなければなりませんので、浄化槽の清掃を業者に頼む場合には、この点にも注意してください。

浄化槽管理者は浄化槽の清掃を年1回、全ばっ気方式の浄化槽ではおおむね6ヵ月に1回行わなければなりません。 
しかし、浄化槽に流入する汚水の量や質によっては、汚泥やスカムの生成速度が速く、これよりも清掃の回数を多くする必要があることがあります。

浄化槽がその機能を正常に発揮するためにはまず、汚水中の固形物をできるだけ沈殿させる（「固液分離」といいます。）ことが第一です。
従って浄化槽の清掃後に沈殿分離室に水を入れておかないと固液分離がうまくできませんので、後の生物処理に悪影響を及ぼすことになり、汚水が十分に浄化されません。
又、浄化槽の中は、沈殿分離室やばっ気室など各室に分けられていますので、片方だけの室に水が入っている状態では、仕切壁の片側だけに水圧がかかることになり、極端な場合には、仕切壁を破損してしまう危険性もあります。
このような構造上の支障が生じますと、もはやその浄化槽は適正な処理機能を保つことができません。
また、同様に浄化槽は地中に埋められているわけですから、土圧もかかっています。
満水の状態ですと、土圧と水圧のバランスが保たれますが、水のない状態ですと土圧による破損が生じるおそれもあります。
このように清掃後に水を入れるのは、固液分離を適正に行い浄化槽全体の処理機能を発揮させ、かつ、圧力のアンバランスによる破損等の事故が生じないようにするためです。